2006年6月29日，萌芽创刊50周年大型座谈会在上海作协大厅隆重举行。中国作协党组书记金炳华发来热情洋溢的贺信，上海市委副书记殷一璀，宣传部部长王仲伟以及上海市作家协会的相关领导到会祝贺并讲话。80高龄的施燕平老先生和８０年代出生的编辑徐敏霞分别代表《萌芽》新老编辑发言。80后作者苏德代表萌芽的新一代作者谈如何在萌芽这个文学平台上成长的心得。对萌芽５０年风雨历程的回顾和美好未来的展望是这次座谈会的主题。
萌芽杂志自创刊以来一直致力于成为青年文学爱好者实现文学梦想的舞台，几代著名作家的早期佳作都在这里发表。1996年，在文化产业的市场化进程中萌芽进行杂志改版，定位更明确，影响力进一步扩大。迄今为止，《萌芽》已不仅是一本具有50年辉煌历史、畅销全国的原创青春文学杂志，还是一个全方位的青春文学平台：萌芽书系已达５０余种，销售逾百万册，成为知名品牌；萌芽网站已有将近60万注册会员，是日流量百万的超人气青春文学网站；萌芽实验中学已创办四年，初中部学生成绩在浦东新区名列前茅。
自１９９９年起，《萌芽》联合全国十三所高校，先后举办了八届被誉为“中国语文奥林匹克”的全国新概念作文大赛，一大批优秀青年作者脱颖而出，包括后来成为８０后写作领军人物的韩寒、郭敬明、张悦然等。《萌芽》在青年读者中的影响不断扩大，已成为文学青年心目中的一面旗帜。
为庆祝《萌芽》创刊５０周年，杂志社还举行了一系列纪念活动：由萌芽杂志社编选，２１世纪出版社出版的《萌芽５０年精华本》收录了50年来在《萌芽》杂志上发表的深具代表性的佳作，几乎同时印证了中国文坛50年来的发展历程。囊括了《萌芽》自创刊以来的所有彩色封面的纪念册也同时推出。７月号萌芽则是８０后知名作者们最新作品的特大版。
《萌芽》杂志社从2006年3月启动的“50年走进全国50所中学”全国文学讲演活动正在进行中，通过编辑、作者与学生读者的零距离接触，使更多年轻人加深对萌芽的了解，进而了解文学、热爱文学，享受文学所带来的感动与欢乐。